Incumbe à Agência Portuguesa do Ambiente, I. P., o exercício das suas competências de gestão e definição das condições de utilização dos recursos hídricos que determinam o regime de funcionamento da estação de dessalinização de água do mar do Algarve, devendo a sua exploração em plena capacidade ser reservada a situações de escassez hídrica, enquanto último recurso de origem de água para consumo público.