Aviso n.º 1586/2019, de 29 de janeiro

Aviso n.º 1586/2019

Aviso de abertura de procedimento concursal de seleção internacional para a contratação de doutorado(a) ao abrigo do Decreto-Lei n.º 57/2016, de 29 de agosto, com as alterações introduzidas pela Lei n.º 57/2017, de 19 de julho e legislação complementar.

1 - Em reunião do Conselho Científico da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, de 18 de dezembro de 2018, foi deliberado abrir concurso de seleção internacional para 1 lugar de doutorado para o exercício de atividades de investigação científica na área científica de Bioestatística em regime de contrato de trabalho em funções públicas a termo resolutivo certo pelo prazo de 30 meses, com vista ao desenvolvimento de investigação em modelos quantitativos de latência do VIH, no âmbito do projeto "Quantitative Studies of HIV Latency (QuaSHLat)", financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT). Um sumário dos objetivos deste projeto encontra-se no Anexo I ao presente Aviso.

2 - Legislação aplicável:

Decreto-Lei n.º 57/2016, de 29 de agosto, que aprova um regime de contratação de doutorados, destinado a estimular o emprego científico e tecnológico em todas as áreas do conhecimento (RJEC), na redação que lhe foi conferida pela Lei n.º 57/2017, de 19 de julho, tendo ainda em consideração o disposto pelo Decreto Regulamentar n.º 11-A/2017, de 29 de dezembro.

Lei Geral do Trabalho em Funções Públicas, aprovada em anexo à Lei n.º 35/2014, de 20 de junho, e respetivas alterações.

3 - Em conformidade com o artigo 13.º do RJEC, o júri do concurso tem a seguinte composição:

Presidente: Prof. Doutor Ruy Miguel Ribeiro, Professor Associado com Agregação da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa;

1.º Vogal: Prof.ª Doutora Ana Espada Sousa, Investigadora-Coordenadora da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa;

2.º Vogal: Prof. Doutor Luís Silva Graça, Professor Associado com Agregação da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa.

4 - O local de trabalho situa-se na Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa.

5 - A remuneração mensal a atribuir é a prevista no n.º 1 do artigo 5.º do Decreto Regulamentar n.º 11-A/2017, de 29 de dezembro, correspondente ao nível 33 da tabela remuneratória única, aprovada pela Portaria n.º 1553-C/2008, 31 de dezembro, sendo de 2.128,34 Euros sem prejuízo do disposto no n.º 3 do artigo 5.º do decreto-lei Regulamentar.

6 - O contrato é celebrado pelo prazo de 12 meses automaticamente renováveis por 12 + 6 meses, até à duração máxima de 30 meses, salvo se:

6.1 - O órgão científico da FMUL propuser a sua cessação com fundamento em avaliação desfavorável do trabalho desenvolvido pelo doutorado, a qual deve ser comunicada ao interessado até 90 dias antes do termo do contrato inicial ou da renovação em curso;

6.2 - Por aplicação de qualquer das causas de extinção constantes no artigo 289.º da LGTF;

6.3 - O doutorado comunique por escrito, até 30 dias antes do termo do contrato ou da renovação em curso, a vontade de o não renovar, com a consequente caducidade do contrato de trabalho a termo certo celebrado na sequência do presente edital.

7 - Ao concurso podem ser opositores candidatos nacionais, estrangeiros e apátridas que sejam titulares do grau de doutor, em ramo de conhecimento ou especialidade que abranja a área científica da Bioestatística ou área científica afim, bem como aqueles a quem, nos termos do Decreto-Lei n.º 341/2007, de 12 de outubro, regulado pela Portaria n.º 227/2017, de 25 de julho, foi reconhecida a totalidade dos direitos inerentes à titularidade do grau de Doutor, ou a quem, nos termos do Decreto-Lei n.º 283/83, de 21 de junho, haja sido concedida equivalência ou reconhecimento ao grau de Doutor. A equivalência, reconhecimento ou o registo do grau de doutor deverá ser obtida até termo do prazo para apresentação de candidaturas.

8 - Formalização das candidaturas:

8.1 - As candidaturas são formalizadas mediante requerimento, disponibilizado no endereço eletrónico da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, http://www.medicina.ulisboa.pt/menu-topo/recursos-humanos/procedimentos-concursais/ dirigido ao Diretor da Faculdade, onde conste a identificação deste aviso, nome completo, número e data do bilhete de identidade, ou do Cartão de Cidadão, ou número de identificação civil e número de identificação fiscal, data e localidade de nascimento, profissão, residência e endereço de contacto, incluindo endereço eletrónico e contacto telefónico.

8.2 - A candidatura é acompanhada dos documentos comprovativos das condições previstas no ponto 7 para admissão a este concurso, nomeadamente:

a) Cópia de certificado ou diploma;

b) Tese de doutoramento ou documento(s) equivalente que determinou a outorga deste grau académico;

c) Curriculum vitae detalhado, e estruturado de acordo com os itens do ponto 12, devendo ser assinalados, com junção de cópia, até três trabalhos que o candidato considere mais relevantes para os itens do ponto 12;

d) Carta de motivação para a investigação proposta no projeto, escrita em Inglês, onde o candidato também apresente as suas competências de acordo com os itens constantes do ponto 12;

e) Outros documentos que o candidato justifique serem pertinentes para a análise da sua candidatura.

8.3 - Os candidatos remetem os documentos referidos em 8.1 e em 8.2, em formato de PDF, para o endereço de correio eletrónico (candidaturasrh@medicina.ulisboa.pt) expedido até ao último dia do prazo do concurso, o qual se fixa em 30 dias após publicação deste Aviso no Diário da República. (Este aviso também será publicado entre outros na Bolsa de Emprego Público e nas páginas da internet da FMUL e da FCT, I. P., em língua Portuguesa e Inglesa.) Pode um candidato, com fundamento na impossibilidade ou dificuldade técnica no envio por correio eletrónico de algum dos documentos referidos em 8.1 e em 8.2, entregá-los em suporte físico, respeitando a data atrás referida, por correio registado com aviso de receção para o endereço postal, Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, Área de Recursos Humanos e Vencimentos, Av. Professor Egas Moniz, 1649-028 Lisboa, ou por mão própria na Área de Recursos Humanos e Vencimentos, piso 3, elevador 11, do edifício do Hospital de Santa Maria. Não sendo aceite a justificação do candidato para a entrega de documentos apenas em suporte físico, é-lhe concedido pelo Presidente do Júri um prazo de 5 dias úteis para os apresentar também em suporte digital.

8.4 - A candidatura e os documentos podem ser apresentados em Português ou Inglês, exceto a carta de motivação que será em Inglês.

9 - Por decisão do Diretor da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa não são admitidos a concurso os candidatos que não cumprirem o disposto nos pontos 7 ou 8, sendo liminarmente excluídos os candidatos que não apresentem a candidatura utilizando o formulário, ou não entreguem todos os documentos referidos nas alíneas a) a d) do ponto 8.2, ou que os apresentem de forma ilegível, incorretamente preenchidos, ou inválidos. Assiste-lhe ainda a faculdade de exigir a qualquer candidato, em caso de dúvida e para efeitos da sua admissão a concurso, a apresentação de documentos comprovativos das respetivas declarações.

10 - Aprovação em mérito absoluto:

10.1 - O Júri deliberará sobre a aprovação ou rejeição em mérito absoluto de cada um dos candidatos, por votação nominal justificada onde não são admitidas abstenções.

10.2 - Considera-se aprovado em mérito absoluto o candidato que obtenha voto favorável de mais de metade dos membros do júri votantes.

10.3 - Serão aprovados em mérito absoluto os candidatos que tenham um percurso científico e curricular relevante para a(s) área(s) científicas(s) do concurso

10.4 - Caso nenhum candidato presente a concurso seja aprovado em mérito absoluto, o concurso fica deserto, e consequentemente a posição não será preenchida.

11 - Nos termos do artigo 5.º do RJEC a seleção realiza-se através da avaliação do percurso científico e curricular dos candidatos.

12 - A avaliação do percurso científico e curricular dos candidatos incide sobre a sua relevância, qualidade e atualidade e realiza-se de acordo com os critérios de avaliação constantes do presente número e dando particular relevância ao curriculum vitae, à carta de motivação e às contribuições consideradas de maior relevância pelo candidato:

12.1 - Qualidade do candidato nas áreas nucleares do projeto a que foi dado um fator de ponderação de 70 %.

Estas áreas são: 1) conhecimentos comprovados com demonstração prática de modelização matemática de sistemas biológicos (com preferência para dinâmica de vírus e/ou do sistema imunitário), incluindo equações diferenciais, processos estocásticos, simulação por computador; 2) conhecimentos comprovados com demonstração prática de modelização estatística de sistemas biológicos (com preferência para dinâmica de vírus e/ou do sistema imunitário), incluindo análise descritiva e inferencial, e modelos gerais de efeitos mistos; 3) experiência de programação em um ou mais dos seguintes sistemas: R, C++, SciPy, MatLab, Mathematica, ou Monolix; 4) experiência comprovada de escrita e publicação de artigos em revistas indexadas, com preferência para trabalhos na área do concurso; 5) muito bom conhecimento de Inglês escrito e falado.

A qualidade do candidato nas áreas nucleares do projeto acima referidas será avaliada através da análise curricular, segundo os seguintes critérios com as correspondentes valorações:

i) Cursos frequentados e respetivo aproveitamento, considerando: (0 a 4 valores)

Qualidade da tese de doutoramento, incluindo publicações científicas da mesma;

Temas e tipologias dos cursos frequentados, incluindo qualidade dos mesmos;

ii) Demonstração de conhecimento prático de programação e utilização de software de computação estatística, numérica e simbólica; (0 a 4 valores)

iii) Publicações científicas: parâmetro que tem em conta publicações em revistas científicas indexadas internacionais de que o candidato foi autor ou coautor, mas também livros, capítulos de livros, e atas de conferências internacionais onde o candidato foi o orador, considerando: (0 a 6 valores)

A sua natureza, o seu impacto, o nível científico/tecnológico e a inovação;

A diversidade e a multidisciplinaridade e a colaboração internacional;

A importância das contribuições para o avanço do estado atual do conhecimento na área científica para que é aberto o concurso.

iv) Reconhecimento pela comunidade científica internacional: parâmetro que tem em conta (0 a 4 valores)

Prémios científicos;

Atividades editoriais em revistas científicas;

Participação em corpos editoriais de revistas científicas;

Coordenação e participação em comissões de programa de eventos científicos;

Realização de palestras convidadas em reuniões científicas ou noutras instituições;

Apresentação efetiva em conferências internacionais/nacionais (poster ou orador)

v) Demonstração de conhecimentos de Inglês, através de cursos frequentados com aproveitamento ou aplicação prática (por exemplo, utilização no dia a dia), e a carta de motivação; (0 a 2 valores)

Tal como indicado em cada caso, a valoração da avaliação dos itens i) a v) será: i) 0 a 4; ii) 0 a 4; iii) 0 a 6; iv) 0 a 4; v) 0 a 2 valores. E a classificação final da componente referente às áreas nucleares é obtida pela soma dos valores em cada um dos itens i) a v).

12.2 - Qualidade do candidato nas áreas complementares do projeto a que foi dado um fator de ponderação de 30 %.

Estas áreas são: 1) capacidade para desenvolvimento de trabalho interdisciplinar na área da Biomatemática; 2) experiência na supervisão de alunos de doutoramento, mestrado e/ou licenciatura; 3) participação em equipas de investigação de projetos na área científica em causa; 4) atividades de gestão e organização de ciência; 5) a participação em atividades de disseminação de ciência.

A qualidade do candidato nas áreas complementares do projeto acima referidas será avaliada através da análise curricular e da carta de motivação, segundo os seguintes critérios com as correspondentes valorações:

i) Participação em projetos científicos: parâmetro que tem em conta a participação e coordenação de projetos científicos pelo candidato, sujeitos a concurso numa base competitiva, considerando: (0 a 4 valores)

O âmbito territorial e sua dimensão;

O nível tecnológico e a importância das contribuições;

A inovação e a diversidade.

ii) Dinamização da atividade científica: parâmetro que tem em conta a capacidade de participação, coordenação e liderança de equipas de investigação demonstrada pelo candidato; (0 a 2 valores)

iii) Acompanhamento e orientação de estudantes: parâmetro que tem em conta a orientação de alunos de doutoramento, de alunos de mestrado e de alunos de licenciatura, estagiários e bolseiros de investigação, considerando: (0 a 4 valores)

O número e a qualidade;

O âmbito e o impacto científico das publicações resultantes;

Os trabalhos premiados e o reconhecimento internacional.

iv) Motivação para trabalho científico interdisciplinar, considerando a carta de motivação apresentada; (0 a 8 valores)

v) Atividades de extensão e de disseminação do conhecimento, designadamente no contexto da promoção da cultura e das práticas científicas, considerando: (0 a 2 valores)

Publicações de divulgação científica e tecnológica;

Participação e coordenação de iniciativas de divulgação científica

Tal como indicado em cada caso, a valoração da avaliação dos itens i) a v) será: i) 0 a 4; ii) 0 a 2; iii) 0 a 4; iv) 0 a 8; v) 0 a 2 valores. E a classificação final da componente referente às áreas complementares é obtida pela soma dos valores em cada um dos itens i) a v).

12.3 - A classificação final de cada candidato será calculada através da média ponderada das classificações em 12.1 e 12.2, com as ponderações de 70 % e 30 %, respetivamente.

13 - Caso a classificação final de todos os candidatos ao presente a concurso seja inferior a 9,5 valores, o concurso fica deserto, e consequentemente sem que a posição seja preenchida.

14 - O júri pode deliberar que os 4 (quatro) candidatos com melhor classificação na avaliação do percurso científico e curricular, em conformidade com os critérios e ponderações constantes no ponto 12 do presente Aviso de Abertura, serão chamados a realizar uma entrevista ou uma sessão de apresentação ou demonstração pública, que se destina à clarificação de aspetos relacionados com os resultados da sua investigação e tem um peso de 10 % do total da avaliação, ficando os restantes candidatos automaticamente afastados do processo de concurso. Neste caso, a ponderação da avaliação do percurso científico e curricular será 65 % para as áreas nucleares (descritas em 12.1) e 25 % para as áreas complementares (descritas em 12.2).

15 - O Júri, sempre que entenda necessário, pode solicitar ao candidato a apresentação de documentos adicionais comprovativos das declarações do candidato, que sejam relevantes para a análise e classificação da sua candidatura.

16 - Classificação dos candidatos:

16.1 - Cada membro do júri atribui uma classificação a cada um dos candidatos em cada critério de avaliação, numa escala de 0 a 20, procedendo à ordenação dos candidatos em função da respetiva classificação final constituída pelo somatório das classificações parciais atribuídas em cada critério de avaliação, e tendo em consideração a ponderação atribuída a cada parâmetro.

16.2 - Os candidatos são ordenados através da aplicação do método de votação sucessiva constante do artigo 20.º do regulamento de concursos da ULisboa.

16.3 - O júri delibera por maioria absoluta, não sendo permitidas abstenções.

16.4 - A classificação final de cada candidato é a que corresponde à sua ordenação resultante da aplicação do método referido no ponto 16.2.

17 - Das reuniões do júri são lavradas atas, que contêm um resumo do que nelas houver ocorrido, bem como os votos emitidos por cada um dos membros e respetiva fundamentação, sendo facultadas aos candidatos sempre que solicitadas.

18 - A deliberação final do júri é homologada pelo Diretor, sendo igualmente da sua competência a celebração do respetivo contrato.

19 - As falsas declarações prestadas pelos candidatos serão punidas nos termos da lei.

20 - A lista de candidatos admitidos e excluídos bem como a lista de classificação final são afixadas nas instalações sitas em Av. Professor Egas Moniz, 1649-028 Lisboa, publicitadas na página eletrónica da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, sendo os candidatos notificados nos termos da legislação em vigor.

21 - Audiência Prévia e prazo para a Decisão Final: Após notificados, os candidatos têm 10 dias úteis para se pronunciar. No prazo de 90 (noventa) dias, contados a partir da data limite para a apresentação das candidaturas, são proferidas as decisões finais do júri.

22 - O presente concurso destina-se, exclusivamente, ao preenchimento da vaga indicada, podendo ser feito cessar até a homologação da lista de ordenação final dos candidatos e caducando com a respetiva ocupação do posto de trabalho em oferta.

23 - Política de não discriminação e de igualdade de acesso: A Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa promove ativamente uma política de não discriminação e de igualdade de acesso, pelo que nenhum candidato/a pode ser privilegiado/a, beneficiado/a, prejudicado/a ou privado/a de qualquer direito ou isento/a de qualquer dever em razão, nomeadamente, de ascendência, idade, sexo, orientação sexual, estado civil, situação familiar, situação económica, instrução, origem ou condição social, património genético, capacidade de trabalho reduzida, deficiência, doença crónica, nacionalidade, origem étnica ou raça, território de origem, língua, religião, convicções políticas ou ideológicas e filiação sindical.

24 - Nos termos do Decreto-Lei n.º 29/2001, de 3 de fevereiro, o candidato com deficiência tem preferência em igualdade de classificação, a qual prevalece sobre qualquer outra preferência legal. Os candidatos devem declarar no formulário de candidatura, sob compromisso de honra, o respetivo grau de incapacidade, o tipo de deficiência e os meios de comunicação/expressão a utilizar no processo de seleção, nos termos do diploma supramencionado.

7 de janeiro de 2019. - O Diretor, Prof. Doutor Fausto J. Pinto.

Sumário do projeto "QuaSHLat - Quantitative Studies of HIV Latency"

O VIH/SIDA é responsável por uma das maiores pandemias da história. As Nações Unidas declararam que esta infeção levou à maior reversão de qualidade de vida na História. Mais de 40 milhões de pessoas já morreram em consequência desta infeção, desde que foi descrita em 1981. No entanto, o VIH também representa um dos maiores sucessos da ciência em resposta a um problema social. O desenvolvimento de medicamente antirretrovirais permitiu que pessoas infetadas, que tenham acesso a esses medicamentos, possam ter vidas quase normais. E nos últimos anos, novas descobertas levaram ao início da discussão sobre a "cura do VIH".

O maior obstáculo a essa cura está nos detalhes do ciclo de vida deste vírus. Para completar o seu ciclo de vida, o vírus integra o seu DNA no genoma da célula que infeta no organismo humano. Quando isto acontece, há uma probabilidade de o vírus se tornar latente, i.e., fica "adormecido" e não produz cópias de si mesmo. Estas células infetadas são virtualmente indistinguíveis de células não infetadas. No entanto, mais tarde, o vírus nestas células pode reativar e começar a produzir novos vírus, recuperando uma infeção que parecia extinta. Eliminar este reservatório de células latentes é o objetivo último do tratamento do VIH.

Este projeto irá desenvolver modelos matemáticos para quantificar a integração do VIH nas suas células alvo, a formação do estado de latência e medidas farmacológicas para reverter este estado. Embora muitos detalhes dos mecanismos moleculares envolvidos sejam conhecidos, os aspetos dinâmicos e quantitativos são muito menos compreendidos. Aqui serão desenvolvidos novos modelos mecanísticos para a latência no organismo e nas células. O objetivo destes modelos é descrever os processos em mais detalhe e quantitativamente para, no longo prazo, contribuírem para a agenda da cura do VIH.

A equipa e os colaboradores têm expertise complementar em matemática aplicada à modelização de sistemas biológicos, infeção por VIH, e procedimento laboratoriais. Colaboradores (financiados pelos seus próprios projetos) fornecerão dados de infeções em humanos, primatas não-humanos, e in vitro. Além disso, algumas experiências quantitativas in vitro estão também planeadas neste projeto. Temos assim um conjunto de dados únicos cuja interpretação será muito potenciada pelos modelos a desenvolver. Por outro lado, os modelos poderão sugerir experiências confirmatórias adicionais. Integração no mesmo projeto de ambos os aspetos (modelização e experiências) permite uma interação muito próxima e feedback entre estas atividades.

Os modelos desenvolvidos e calibrados neste projeto contribuirão para uma melhor compreensão dos mecanismos de latência na infeção por VIH. Tal como no caso de modelos anteriores de infeções virais, os conhecimentos proporcionados por esta abordagem ajudarão a acelerar o desenvolvimento de tratamento inovadores onde a reversão da latência é possível e a cura do VIH está mais próxima.

Algumas referências relacionadas com o projeto:

Perelson AS & Ribeiro RM (2013) Modeling the within-host dynamics of HIV infection. BMC Biology 11: 96

Cardozo E. F., et al. (2017) Treatment with integrase inhibitor suggests a new interpretation of HIV RNA decay curves that reveals a subset of cells with slow integration. PLoS Pathogens 13: e1006478

Cao Y, et al. (2018) Probabilistic control of HIV latency and transactivation by the Tat gene circuit. Proc Natl Acad Sci U S A. 115:12453-12458

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